Ein besonderes Augenmerk legt der Alpenzoo auf die in der Haltung z.T. sehr anspruchsvollen Kleinvögel. Es werden selten in Zoos gehaltene Arten wie Blaukehlchen, Wasseramsel, Schwanzmeisen und Mauerläufer gezeigt. Auch die weltweit kleinste Singvogelart, das Wintergoldhähnchen (Regulus regulus), wird nur im Alpenzoo gepflegt.