Im weltweit größten Kaltwasser-Aquarium werden 50 alpine, zum Teil äußerst seltene Fischarten in anschaulichen Landschaftsbecken gepflegt. Die 17 Schaubecken von 80 l – 14 000 l sind thematisch gegliedert, und es werden die Bewohner bestimmter Gewässertypen vorgestellt. Entsprechend den Bedingungen in Freigewässern wird die Temperatur in den Wintermonaten auf 4 – 6°C abgesenkt, steigt im Sommer bis auf 16 – 20°C und erreicht im Gardasee-Becken mit Heizstäben sogar 22°C. Im Alpenzoo zeigen wir u.a. Nase, Hecht, Wels, Frauennerfling, Streber, Äsche und Bachforelle.

Fische zählen zu den am meisten gefährdeten Lebewesen, viele Arten sind durch Verschmutzung und Verbau der Gewässer auch bei uns selten geworden oder verschwunden. Im Alpenzoo - Aquarium sind bereits einige international beachtete Welterstzuchten gelungen.